1987年（昭和62年）
横浜教区 設立50周年
横浜司教区は設立50周年を迎え、新たな宣教共同体を目指して教区刷新運動を開始。翌88年、濱尾司教は、横浜教区を16地区に分け、各地区に「福音宣教委員会」を設置。小田原教会は、神奈川第6地区に所属し、小教区の枠を越えて９つの教会と７つの修道院がともに交わり、共同宣教司牧の道を歩み始める。
1989年（昭和64年 平成元年）
小田原教会 創立110周年
信徒からの募金により、教会オルガン（西ドイツ、アールボーン社製、DS16）を購入。
1992年（平成4年）
7月 ヌベール愛徳修道会 小田原修道院を再開
1997年（平成9年）
4月 日野 武満 師 離任； 石川 裕之 師 着任。
小田原教会に「典礼委員会」が設置される。旧来の典礼から第2バチカン公会議の典礼刷新による新しい典礼に移行。
カトリック箱根教会が小田原教会小教区の帰属となる。
10月5日 小田原教会の守護聖人「幼いイエスの聖テレジア」帰天100周年のミサ
1998年（平成10年）
ステファノ 濱尾 文郎 司教 バチカン教皇庁 移住・移動者司牧評議会議長に就任
横浜教区管理者 木村 義男 師 就任
小田原教会に「福祉の会」が発足し、路上生活者支援など福祉活動に取り組む。
1999年（平成11年）
小田原教会 創立120周年
2月7日 新玉幼稚園、園舎落成の感謝ミサ。幼稚園は、宗教法人横浜教区小田原教会から学校法人聖トマ学園の所属に変更。
5月15日 横浜教区 第7代教区長 ラファエル 梅村 昌弘 師 司教叙階 着座
10月3日 小田原教会 創立120周年 感謝のミサ
2000年（平成12年）大聖年
2月 福祉の会の主催で「ゼノ、限りなき愛に」映画会を市民会館で開催。収益金は小田原市福祉基金に寄付。小田原教会福祉の会、日本基督教団小田原教会、小田原クリスチャンセンターの三者協働で、路上生活者の生活支援を開始。
4月 石川 裕之 師 離任； 河野 淳 師 着任。
2001年（平成13年）
5月27日 箱根教会 創立50周年 記念のミサと祝賀会
7月 小田原教会に「聖体奉仕者」を導入（現在「聖体授与の臨時の奉仕者」に名称が変更）
2003年（平成15年）
神奈川県で「共同宣教司牧準備会」を開始。
12月6日 第1回「ふれあいコンサート」を、小田原教会聖堂で開催。収益金はユニセフに寄付。
2004年（平成16年）
2月29日 横浜教区合同の洗礼志願式（梅村司教司式、藤沢教会にて）
10月24日 小田原教会で初めて信徒による「集会祭儀」が執り行われる。以降、月に一回、集会祭儀が実施されるようになる。
2005年（平成17年）
4月2日 教皇ヨハネ・パウロ2世 帰天（84歳）。 ベネディクト16世 教皇着座
2006年（平成18年）
神奈川第6地区、主日のミサ担当の司祭ローテーションを導入
11月25日 第2回「ふれあいコンサート」を開催。収益金は「世界の子供にワクチンを–日本委員会」に寄付。
2007年（平成19年）
ヌベール愛徳修道会 小田原修道院を閉院
2008年（平成20年）
4月 河野 淳 師 離任； 岡村 厳 師 着任。
4月1日 横浜教区の「地区福音宣教委員会」に代わり「地区共同宣教司牧委員会」が発足。かつての「一人の司祭を中心とした小教区」から「複数の司祭とともに、聖霊の導きによる、キリストを中心とした交わりの共同体」への転換を目指す。信徒、修道者、司祭の三者が協働して、宣教使命に従事する。神奈川第6地区は、茅ヶ崎、平塚、大磯、二宮、国府津、秦野、小田原（箱根を含む）、真鶴の9教会と7修道院で構成され、「教会委員長」「典礼」「宣教」「福祉」の４部門の活動と、年3回の「全体会」開催が決定される。
2009年（平成21年）
小田原教会 創立130周年
10月4日 創立130周年 感謝のミサ 記念事業として、往時の写真展、ルルドの聖母像の化粧直し、マリア学院に図書コーナーを設置。教会資料を収集・整理して「小田原教会百年記念誌」を増刷。「小田原教会の紹介リーフレット」の作成。
2010年（平成22年）
小田原教会バザーに、箱根、真鶴、国府津の各教会共同体と外国籍のグループが参加。第６地区の合同ミサや合同堅信式を実施して、第６地区の教会交流が盛んになる。
2011年（平成23年）
3月11日 14時46分 東日本大震災が発生
日本観測史上最大マグニチュード9.0の超巨大地震が発生。地震による大津波が三陸地方を中心に北海道から関東の太平洋沿岸を襲い、死者と行方不明者で2万2000人余りの人命が奪われる。巨大地震と大津波は、東京電力福島第一原子力発電所の原子炉１号機から３号機までの電源を喪失させ、壊滅的な水素爆発とメルトダウンを引き起こした。壊れた原子炉から放射性物質が漏れ出し、原発災害からの復興の道のりは未だ見えていない。
10月 小田原教会バザー 収益金は東日本被災地に寄付。
11月 第6地区宣教部会主催の朗読音楽劇「葉っぱのフレディー」上演。献金は東日本被災地に寄付。
2012年（平成24年）
4月 岡村 厳 師 離任； 高野 哲夫 師 着任。
第6地区福祉部門 福島市にある私立「桜の聖母短期大学」の被災者学生支援の5年間継続を決定。
11月24日 横浜天主堂献堂150周年 日本再宣教150周年 横浜教区75周年 感謝のミサと記念講演開催（パシフィコ横浜国立大ホールにて）。小田原教会から信徒35名が参加。
12月 小田原教会の公式ウェブサイトを初公開。
2013年（平成25年）
3月13日 ベネディクト16世 教皇退位。 フランシスコ 教皇着座
2014年（平成26年）
３月 高野 哲夫 師 離任； 和野 信彦 師 着任。
2016年（平成28年）
第6地区「共同宣教司牧委員会」の規約を改定し、新体制を形成： ① 全体会（年3回開催） ② ３部門による活動：「祈る力を育てる部門」「信仰を伝える力を育てる部門」「神の愛を証しする力を育てる部門」 ③ 運営会（主任司祭、教会委員長、修道会代表者、３部門代表で構成）。
2017年（平成29年）
4月 和野 信彦 師 離任； 鵜飼 好一 師 着任。
4月16日 箱根町強羅の洗礼者ヨハネ・カトリック箱根教会の閉鎖が決まり、小田原教会に統合される。
7月16日 箱根教会で、最後の感謝ミサが挙げられる。
10月 横浜教区神学生 ベトナム出身のドミニコ タン・ホアン・フィー神学生の教会実習が小田原教会で始まる。
2018年（平成30年）
聖コロンバン会 100周年
11月25日 聖コロンバン会100周年 聖コロンバン会テハン師の司式で感謝のミサ。聖コロンバン会司牧時代の写真が小田原教会に展示される。
2019年（平成31年 令和元年）
小田原教会 創立140周年
6月16日 小田原教会創立140周年 横浜教区梅村司教を迎えて感謝のミサと祝賀会。140周年の記念行事として、教会の歴史写真集、昭和初期の聖像・聖具を展示。「小田原教会だより140周年記念号」を発行。関口フランスパンを記念品として配布。「小田原教会の紹介リーフレット」の改訂版制作。
11月23 ~ 26日 教皇フランシスコ 日本訪問（長崎、広島、東京）
「すべてのいのちを守るため – Protect All Life」という来日テーマを携えて、教皇フランシスコが訪日。
11月25日 38年ぶりのローマ教皇訪日の東京ドームでのミサには5万人の信者が参加。小田原教会と真鶴教会から88名が参加し、他にも個人参加者が多数。
教皇フランシスコの訪日を記念して、日本のカトリック教会は、毎年9月1日から10月4日（アシジの聖フランシスコの記念日）の期間を「すべてのいのちを守るための月間」と定めて、いのちを大切にする祈りと行動を起こす取り組みを始める。
12月 新型コロナウイルス感染症、中華人民共和国の湖北省武漢で発生。
2020年（令和2年）
3月 新型コロナウイルス感染症（Covid-19）が世界中に拡散。世界保健機構（WHO）は世界的感染爆発（パンデミック）を宣言。
4月16日 ~ 5月25日 日本でも新型コロナウイルス感染症が拡大し、日本政府は全国緊急事態宣言を発令。小田原教会は主日のミサを非公開に（信徒のミサ参列を中止）。
6月 日本政府は新型コロナウイルス感染症緊急事態を解除。小田原教会では、ミサの参加人数を制限し、教会内でのマスク着用、手指消毒、聖堂換気の感染症対策を徹底して、主日のミサを再開する。
2021年（令和3年）
4月 鵜飼 好一 師 離任； 宮内 毅 師 着任。
10月 小田原教会ホームページをリニューアル。
2022年（令和4年）
5月8日 小田原教会で、毎月第２日曜日の14:00 pmに英語のミサが始まる。
5月8日 ベトナム 信仰の宣教修道会・小田原教会出身 ドミニコ タン・ホアン・フィー Dominique Than Hoang Phi 神学生 助祭叙階式（カトリック山手教会にて）
12月3日 33年間使用してきた教会のオルガンを、新しくバイアカウント社（コーラム40、木製主鍵盤仕様）のクラシック・オルガンに買い替える。
2023年（令和5年）
5月 政府は新型コロナウイルス感染症の分類を2類から5類に移行。これに伴い、小田原教会も感染症対策を見直し、４年ぶりに様々な教会の活動と行事に取り組み、主日ミサでは会衆による聖歌歌唱を再開する。
５月30日 ポーランドから司祭3名を含む26名の巡礼団が小田原教会を訪問し、ミサを執り行う。
8月10日 ドミニコ タン・ホアン・フィー助祭 司祭叙階式 ベトナム フークォン（Phu Khuong）教区 カテドラル大聖堂にて
フィー新司祭 ベトナムの出身教会での初ミサ風景 スアンロク（Xuan Loc）教区 ドンナイ（Dong Nai）省 TamAn教会
日本に帰国後、鎌倉カトリック雪ノ下教会の助任司祭に任命される。
11月14日 日韓司教交流会 小田原教会を訪問
2024年（令和6年）
4月 宮内 毅 師 離任； ペトロ 李 延胤（イ・チョンユン）師 小教区管理者着任。
2025年（令和7年）
4月 ペトロ 李 延胤（イ・チョンユン）師 教会主任司祭任命（真鶴教会主任司祭兼務）
4月21日 教皇フランシスコ 帰天（89歳）。 レオ14世 教皇着座